Форт был построен в 1845 году, за 20 лет до известного французского форта "Боярд". Форт защищал внутренний рейд Кронштадта и контролировал Южный фарватер. Во время Крымской войны 1853-1856 годов он находился на передовой линии, между ним и фортом "Павел I" было установлено минное заграждение. В конце XIX века форт "Александр I" утратил боевое назначение, и на нём разместили Особую лабораторию Императорского Института экспериментальной медицины, занимавшуюся разработкой препаратов от чумы и других опасных заболеваний. Форт получил второе название "Чумной". После Октябрьской революции лаборатория была закрыта, форт использовался как склад для минно-трального оборудования. На рубеже XX-XXI веков на территории форта стали проводить музыкальные фестивали. Сейчас форт "Александр I", как и другие южные форты, включён в программу "Остров фортов", ведутся работы по реставрации и приспособлению под музейное использование.