Село Алепино известно с XVI века, когда оно принадлежало Ново-Девичьему монастырю. Позже царь Иван Грозный взял его в царскую казну, и до начала XVIII века село оставалось дворцовым имением. Затем, вплоть до XIX века Алепино было владением князей Салтыковых. Существующая каменная церковь Покрова Богородицы была построена в 1850-х годах в стиле классицизма взамен более ранней деревянной. В 1930-х годах церковь была закрыта. Здание признано объектом культурного наследия регионального значения. В 2022 году выполнена консервация. Планируется реставрация церкви.