Палаты были построены в конце XVIв. на средства покровителей монастыря бояр Годуновых. Знаменитыми они стали благодаря тому, что, как считается, в феврале-марте 1613г. здесь жил, скрываясь от польско-литовских интервентов юный царь Михаил Федорович в сопровождении матери, Ксении Иоанновны, в монашестве Марфы. По-видимому, палаты были гостевым домом для высокопоставленных персон, а жил ли здесь действительно царь, доподлинно неизвестно. Но о том, что именно это здание является царскими чертогами, рассказали в Костроме сначала Екатерине II, а потом Александру II. Последний велел в 1858о. превратить корпус в царственный музей. За это взялись дворцовые архитекторы К.Н.Тон и Ф.Ф.Рихтер. За образец взяли палаты Романовых в Москве на Варварке и палаты Московского Кремля. Здание поделили на две половины, мужскую и женскую. К зданию пристроили широкую царскую лестницу, ведущую на второй этаж, построили крыльцо в русском стиле. Верхний этаж расписали «в шахмат». Получились красивенькие и внушительные царские палаты, по-видимому, мало относящиеся к исторической правде. Внутри Рихтер создал замечательные изразцовые печи, за образец взяв мотивы изразцов петровского времени. В палатах поместили музей Романовых, сейчас возрожденный. Никакой подлинной обстановки XVII века там не пытались создать, просто разместили музейную экспозицию, посвященную первым Романовым.