Церковь над Святыми воротами монастыря была построена в псевдорусском стиле в 1841-1863гг. по проекту придворного архитектора К.А.Тона и Н.П.Григорьева. Ее возвели на месте старого входа в монастырь с церковью Федора Стратилата и Ирины, построенной в конце XVIв. и освященной в честь святых покровителей царя Федора Иоанновича и царицы Ирины Федоровны. Престол нового храма великомучеников Хрисанфа и Дарии, память которых отмечают 1 апреля, освятили в честь еще двух знаменательных первоапрельских событий, правда, не смешных: отъезда царя Михаила из Ипатьевской обители в Москву на царствование в 1613г. и входа российской армии под предводительством Александра I в побежденный Париж в 1814г. Церковь представляет собою бесстолпный четверик, несущий двенадцатигранный шатер, увенчанный глухим барабаном с главкой.